本所成立於民國三十七年(西元1948年)，第一任主任兼醫師為 賴春霖先生，原隸屬三芝鄉公所(現為三芝區公所)，民國六十四年(西元1975年)，七月組織規程更改，改隸屬於臺北縣政府衛生局(現為新北市政府衛生局)，民國七十一年(西元1982年)，遷入本棟辦公廳。民國七十八年(西元1989年)，成立群體醫療執業中心，由臺大醫院醫師支援，之後臺大醫師 林敬錝接任本所主任兼醫師，一改以往衛生所在民眾觀念中只有保健，缺乏醫療的形象，為本所注入一股新氣象，八十三年(西元1994年)，擴建本棟三樓，加強辦公室及醫療空間，為民眾提供更多項服務，民國九十二年(西元2003年)，空規完成。民國九十八年(西元2009年)，十一月一日由石碇鄉衛生所(現為石碇區衛生所) 蕭秋勇醫師奉派接任本所主任兼醫師。民國九十九年(西元2010年)十二月二十五日更名為"新北市三芝區衛生所"。民國一百零九年(西元2020年)，四月一日由石門區衛生所 羅世偉醫師奉派接任本所主任至今。

　新北市三芝區位於台灣本島最北端稍偏西，其位置約在東經121度、北緯25度之間，北邊與石門區和金山區毗鄰，南邊與淡水區相接，東連大屯山脈和台北市北投區陽明山分界，西臨台灣海峽與大陸福州遙對，為一背山面海風景秀麗的鄉村。全區13里、人口數23011人。民眾大部分務農、年輕人大部分在外地工作，中老年人與婦女小孩較多因屬偏遠地區民眾就醫不便，於民國七十八年(西元1989年)，成立群體醫療執業中心，同時兼顧保健與醫療。

　現今三芝區衛生所之建築物建於民國七十一年(西元1982年)，迄今已廿年，雖於八十一年(西元1992年)，右側邊加蓋三樓一棟，但整體動線不順暢已無法滿足現代化保健醫療之活動空間及設備，且建築物外觀老舊局部漏水嚴重，極需整體改善，有鑑於此為發揮衛生所之最大功能，經行政院衛生署與新北市政府對列撥款，將於九十二年(西元2003年)，進行內外部之整修，由專業建築師設計均以符合未來保健醫療服務之空間需求。

民國九十二年(西元2003年)，八月整修完成，以嶄新風貌提供給民眾最舒適的空間：
一樓一進門左側為掛號與服務臺、右側為民眾書寫區海報區及X光室，正前方為藥局、藥局前面為寬敞舒適之候診區，候診區前即是診療室、體檢區、隱密的子宮抹片室、乳房防治篩檢室、注射觀察室等。流暢的動線、整體柔和的色系讓民眾一進入衛生所，即能感受到溫馨自在。

　二樓左側為會議室，中間為預防注射室、健兒門診室、候診區、遊戲區、嬰幼兒篩檢室〈DDST〉均有獨立空間提供兒童安全舒適之預注環境，一改以往預注室全部融合在同一空間像菜市場般吵雜。右側為生化檢驗室及專為兒童設計之兒童廁所等均核符現代化的需求。

　三樓即針對衛生所員工所設計之辦公空間，左側為所有員工辦公室。另有獨立之主任室、檔案室、衛材室、電腦主機室、諮商討論室等。雖然礙於經費不足三樓空間設備大部分沿用舊有設備但動線順暢，舒適的工作環境均有助於增加工作效率，進而更能提昇為民服務的品質。 

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